Les affaires de la Communauté sont dirigées par un conseil de 28 membres composé des personnes suivantes :

• le maire de la Ville de Montréal et treize personnes que le conseil d'agglomération de Montréal désigne parmi les membres du conseil ordinaire de la ville et ceux des conseils des autres municipalités dont le territoire est compris dans l'agglomération;

• le maire de la Ville de Laval et deux personnes que le conseil de la ville désigne parmi ses autres membres;

• le maire de la Ville de Longueuil et deux personnes que le conseil d'agglomération de Longueuil désigne parmi les membres du conseil ordinaire de la ville et ceux des conseils des autres municipalités dont le territoire est compris dans l'agglomération;

• quatre maires désignés par les municipalités régionales de comté, parmi ceux des municipalités dont le territoire est compris à la fois dans celui de la Communauté et dans celui d'une municipalité régionale de comté de la couronne Nord de Montréal :

• la Ville de Mirabel et la MRC de Deux-Montagnes désignent un membre;
• la MRC de Thérèse-De Blainville désigne un membre;
• la MRC des Moulins désigne un membre;
• la MRC de L'Assomption désigne un membre.

• quatre maires désignés par les municipalités régionales de comté, parmi ceux des municipalités dont le territoire est compris à la fois dans celui de la Communauté et dans celui d'une municipalité régionale de comté de la couronne Sud de Montréal :

• la MRC de Roussillon désigne un membre;
• la MRC de Marguerite-D'Youville désigne un membre;
• la MRC La Vallée-du-Richelieu et la MRC de Rouville désignent un membre;
• la MRC de Beauharnois-Salaberry et la MRC de Vaudreuil-Soulanges désignent un membre.

Le maire de la Ville de Montréal préside le conseil et le comité exécutif de la Communauté. Le vice-président du conseil remplace le président en cas d'empêchement de celui-ci.

Les séances du conseil sont publiques. Chaque séance comprend une période au cours de laquelle les personnes présentes peuvent poser des questions orales aux membres du conseil.  Le conseil doit établir, avant le début de chaque année, le calendrier de ses séances ordinaires en fixant le jour et l'heure du début de chacune de ces séances. Au besoin, il peut tenir des assemblées extraordinaires.

Le conseil exerce l'ensemble des pouvoirs que la loi attribue à la Communauté. Ses procédures de régie interne et de délibérations sont énoncées par règlement.  Le quorum des assemblées du conseil est fixé à neuf membres. Le conseil peut déléguer au comité exécutif certaines fonctions.